中科信軟GROMACS分子動力學仿真培訓課程,GROMACS分子動力學
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培訓大綱
主題 |
培訓內容 |
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1. 1 分子模擬入門理論——對分子動力學模擬原理游刃有余 2. 1.1 基本假設 3. 1.2 主要算法介紹:最速下降法、共軛梯度法 4. 1.3 積分步長的選取 5. 1.4 溫度和壓力控制 6. 1.5 周期性邊界條件 7. 1.6 分子動力學模擬流程 |
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1. 2 GROMACS入門操作基礎 2. 2.1 Linux命令入門基礎——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令 3. 2.2 GROMACS的win版linux版編譯安裝——學會編譯方法,針對自己體系編譯軟件 4. 2.3 GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數(shù)介紹 5. 2.4 GROMACS力場介紹——深度探究力場具體形式,為以后創(chuàng)建自己體系做準備OPLS為例,力場的各種參數(shù)說明 6. 3 GROMACS建!莆栈静僮髁鞒獭箤W員具有扎實的技術基礎 7. 3.1 Packmol,GaussView,vmd等建模軟件的使用
8. 3.2 建立各種體系模型 9. 3.3 小分子各種力場TOP文件的建立,x2top, prodrg, ATB,itp, top的結構以及參數(shù)說明 10. 3.4 建立均相、多相體系 11. 3.5 如何修改力場參數(shù) |
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